Le Laboratoire Départemental de la Côte-d'Or participe au contrôle sanitaire des eaux d'alimentation destinées à la consommation humaine et des eaux de loisirs : paramètres microbiologiques et chimiques, notamment les nitrates, les pesticides, les HPA (Hydrocarbures Polycycliques Aromatiques ou plus simplement résidus goudronneux), les métaux tels que le plomb et le fer...Il réalise aussi des recherches de légionelles sur les eaux chaudes à température d'utilisation (ex. : douches) pour les établissements recevant du public (maisons de retraite, hôpitaux, crèches, internats des collèges et lycées...) et sur les tours aéro-réfrigérantes des entreprises.
Le Laboratoire assure de nombreuses analyses d'auto-contrôles réglementaires sur les aliments et des tournées de ramassage de prélèvements pour le compte des petits commerces et artisans de Côte-d'Or. Il développe un réseau de partenariats avec la restauration collective (hôpitaux, groupes scolaires, maisons de retraite...) sur la formation et le conseil en matière d'hygiène et de qualité des prestations. Le Laboratoire réalise également des recherches de contaminants dans les viandes dans le cadre des plans de contrôle des denrées alimentaires mis en place par le Ministère de l'Agriculture.
Le service des analyses vétérinaires effectue des analyses de génotypage de la maladie de la tremblante, de peste porcine et de BVD chez les bovins. Ce service s'occupe également de la détection de maladies réglementées (Brucellose, Leucose, I.B.R.) et du dépistage systématique de l'E.S.B.
Le Laboratoire assure également des analyses sur les eaux de rejets industriels, de stations d'épuration et sur l'étude de la macrofaune, témoin de la qualité des eaux de rivières.
8 apprentis, environ 14 stagiaires sont accueillis chaque année au sein du laboratoire. une centaine de collégiens découvrent ces activités dans le cadre de l'organisation annuelle de la Fête de la Science. Le LDCO organise également des visites de ses locaux pour des groupes de collégiens, lycées et universitaires et des formations à l'hygiène.